Training course: DiversityDescriptions and Semantic Web-compliant data – 32. Diversity Workbench Workshop

Thema: Einführung in das Arbeiten mit DiversityDescriptions (Fokus: Semantic Web-konforme Daten und Pipelines zur Datenpublikation)

DiversityDescriptions ist eine Applikation der Diversity Workbench Datenbank-Suite. Im Gegensatz zu anderen relationalen Datenbanken der DWB basiert sie auf einem generischen Datenmodell (Hagedorn et al. 2016). Damit ist sie zum Datenmanagement in verschiedensten Forschungsprojekten einsetzbar sowie auch zur zentralen Datenkuration von Matrix-Daten an GFBio Datenzentren geeignet. Mit DiversityDescriptions können Beschreibungen von Organismen, Merkmale und Attribute von Forschungsobjekten (Summary and Sample-Daten), Ontologien, Vokabularien, Datenbank-Modelle sowie Inhalte (Konzepte) von Austausch-Schemata verwaltet werden. Durch entsprechende Schnittstellen können Semantic Web-Repräsentationen wie auch verschiedene Workflows zur Datenpublikation bedient werden. Der Workshop ist eine gemeinsame Veranstaltung der DFG-Projekte GFBio, MOD-CO und "ARAMOB – Mobilisierung und Semantische Anreicherung ökologischer Spinnendaten".

Organisatorisches

• Ort: Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart, Nordbahnhofstr. 177, 70191 Stuttgart, Raum: Vortragssaal

• Anreise
  • vom Flughafen
  • vom Hauptbahnhof
  • mit dem Auto

• Datum: 16. März 2017
• Zeit: 11.00 Uhr - 17.00 Uhr
• Übernachtungsmöglichkeiten
• Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

Ansprechpartner

• Anmeldung, Anreise etc.:
  • Juan Carlos Monje (SMNS)
  • Wolfgang Reichert (SNSB)

Die Teilnehmerzahl ist begrenzt.

• Fachliche Organisation und Arbeitsprogramm:
  • Dagmar Triebel (GFBio)
  • Joachim Holstein (GFBio)
  • Pelin Yilmaz (MOD-CO)
  • Anton Link (DiversityDescriptions, ARAMOB)
  • Hubert Höfer (ARAMOB)

Arbeitsprogramm

Thema: s. o.

• ab 10.30 Uhr Eintreffen der Teilnehmer; Installation der DiversityDescriptions-Clients auf den mitgebrachten Laptops
• 11.00 Uhr Begrüßung und kurze Vorstellungsrunde (J. Holstein)
• 11.15 Uhr Einführung in die Diversity Workbench, Vorstellung MOD-CO (D. Triebel), Vorstellung ARAMOB (H. Höfer) und Vorstellung GFBio (J. Holstein)
• 11.45 Uhr Arbeiten mit DiversityDescriptions; Grundfunktionen, Anlegen von Descriptoren, Dateneingabe (Summary und Sample-Daten) etc. (A. Link)
• 12.30 Uhr UseCases: Beschreibungsdaten am Beispiel DEEMY, BacDescr und/oder ARAMOB, Demo (F. Raub, S. Bayer)
• 13.00 Uhr Mittagspause
• 13.45 Uhr Arbeiten mit DiversityDescriptions; Pipelines zum Datenexport und Datenpublikation (html, SDD-structured xml, DELTA, Pensoft Data Publisher, NaviKey) (A. Link)
• 14.30 Uhr Semantic Web konforme Strukturierung und Publikation von Datenaustausch-Schemata und Ontologien; Semantic Media Wiki (G. Hagedorn)
• 15.00 Uhr Kaffeepause
• 15.15 Uhr SQL-Datenbanken und Semantic Web: LOD-Repräsentation von DWB Datenbank-Schemata und MOD-CO Begriffsschema (D. Triebel)
• 15.40 Uhr Einführung zum DD UseCase: Pipeline to create, manage and publish the MOD-CO schema and vocabularies (D. Triebel, in Vertretung für P. Yilmaz)
• 15.50 Uhr Arbeiten mit DiversityDescriptions; Weitere Funktionen (A. Link)
• 16.30 Uhr Installation von DiversityDescriptions als Teil einer DWB Pipeline an einem GFBio Datenzentrum (Data Repository nach OAIS Modell, pipeline für GFBio Data Type 3) (D. Triebel)
• 16.45 Uhr UseCase: DiversityDescriptions Quiz Software (Beispiel: Heilpflanzen; I. Leininger)
• 17.00 Uhr Ende

Teilnehmer	Institution	Fachgebiet
Alexander Bach	Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen	ARAMOB, Zoologie
Steffen Bayer	Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe	ARAMOB, Zoologie
Michael Haas	Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart	Entomologie
Gregor Hagedorn	Museum für Naturkunde Berlin	Biodiversitätsinformatik, Semantic Web
Birgit Klasen	Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig	GFBio, Zoologie
Jonas Kirch	Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen	Ökologie
Iris Leininger	Botanische Staatssammlung München und SNSB IT Center	Flora von Bayern
Patrick Plitzner	Botanischer Garten Botanisches Museum Berlin-Dahlem	Biodiversitätinformatik
Hossein Rajaei	Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart	Entomologie
Florian Raub	Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe	ARAMOB, Biodiversitätsinformatik
Jörg Spelda	Zoologische Staatssammlung München	Zoologie
Ingo Wendt	Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart	ARAMOB, Zoologie

Diversity Workbench Entwickler Plattform

• Diversity Workbench Information Models
• DiversityDescriptions – dwbD Database Scheme Semantic Web representation unter: http://diversityworkbench.net/Portal/dwbDescriptions
• Diversity Workbench Software`mit DiversityDescriptions und DiversityDescriptions Quiz App
• DiversityMobile App on Windows Phone Store
• Empfehlungen für Software-Entwickler

Daten in DiversityDescriptions online

• DEEMY – An Information System for Characterization and DEtermination of EctoMYcorrhizae unter http://www.deemy.de
• Flora von Bayern Quiz unter http://bayernflora.de/web/Quiz
• LIAS light – A Database for Rapid Identification of Lichens unter http://liaslight.lias.net/
• LIAS Metabolites – Identification of lichen substances unter http://liaslight.lias.net/Identification/Navikey/Metabolites/
• MOD-CO Schema: im Aufbau; will be finally published under http://www.mod-co.net

DWB Netzwerk SNSB mit DiversityDescriptions

• DWB Netzwerk an den SNSB

Diversity Workbench – DFG recommended

• DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

Weiterführende Links zum Thema des Workshops

• TDWG Terms Plattform unter https://terms.tdwg.org/wiki/Main_Page
• Biodiversity Data Journal unter http://bdj.pensoft.net/
• GFBio Data Centers Portfolios unter http://www.gfbio.org/about/data-centers: "Type 3 Data"
• DELTA – DEscription Language for TAxonomy unter http://www.delta-intkey.com/; example under ftp://delta-intkey.com/britsp/index.htm; see also http://delta-intkey.com/britsp/www/key.htm
• Definition of the Delta Format unter http://www.tdwg.org/standards/ und https://github.com/tdwg/delta
• SDD – TDWG Standard for Structured Descriptive Data unter http://www.tdwg.org/standards/ und https://github.com/tdwg/sdd
• LIAS gtm – A Database for Visualising the Geographic Distribution of Lichen Traits unter http://liasgtm.lias.net/gtm.php
• NaviKey Software – a Java applet and application for accessing descriptive data coded in DELTA format unter http://www.navikey.net/
• ZooTerms (Online Dictionary of Invertebrate Zoology) unter http://species-id.net/zooterms/

Weiterführende Literatur zum Thema des Workshops

• Egloff, W., Patterson, D. J., Agosti, D., & Hagedorn, G. (2014). Open exchange of scientific knowledge and European copyright: The case of biodiversity information. ZooKeys, 414: 109–135. (PDF)

• Güntsch, A., Hyam, R., Hagedorn, G., Chagnoux, S., Röpert, D., Casino A., Droege, G., Glöckler, F., Gödderz, K., Groom, Q., Hoffmann, J., Holleman, A., Kempa, M., Koivula, H., Marhold, K., Nicolson, N., Smith, V. S. & Triebel, D. 2017. Actionable, long-term stable and semantic web compatible identifiers for access to biological collection objects. – Database, 2017, 1–9. (doi.org/10.1093/database/bax003)

• Hagedorn, G. (2008/2007). Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – 1–417. Dissertation, Universität Bayreuth.

• Hagedorn, G., Mietchen, D., Morris, R. A., Agosti, D., Penev, L., Berendsohn, W. G. & Hobern, D. (2011). Creative Commons licenses and the non-commercial condition: Implications for the re-use of biodiversity information. ZooKeys, 150: 127–149, doi: 10.3897/zookeys.150.2189.

• Hagedorn, G., Plank, A., Link, A., Rambold, G. & Triebel, D. (2016). DiversityDescriptions information model (version 3.0.15, 11 July 2016). http://www.diversityworkbench.net/Portal/DiversityDescriptionsModel_3.0.15.

• Madin, J. S., Bowers, S., Schildhauer, M. P., & Jones, M. B. (2008). Advancing ecological research with ontologies. – Trends in Ecology & Evolution, 23(3): 159–168. (PDF)

• Penev, L., Mietchen, D., Chavan, V., Hagedorn, G., Remsen, D., Smith, V. & Shotton, D. (2011). Pensoft Data Publishing Policies and Guidelines for Biodiversity Data. Pensoft Publishers. (PDF)

• Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L., & Triebel, D. (2014). LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. MycoKeys, 8: 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605.(PDF)

• Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. (2016). Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. (doi:10.1007/s10531-016-1199-2)

• Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. (2012). An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. MycoKeys, 5: 45–63. doi:10.3897/mycokeys.5.4302. (PDF)

• Poster Management and publication of an integrative and comprehensive scheme for meta-omics data of collection objects (MOD-CO) with Abstract

• Poster Linking external SQL databases and the Semantic Web: A Pipeline for dynamic web publication with stable URI identifiers for database structural information and content schemes with Abstract

Sonstiges

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