Difference between revisions of "2nd WP5 Training course for data curators at GFBio Collection Data Centers – 25. Diversity Workbench Workshop"

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2nd GFBio Training course for data curators – 25. Diversity Workbench Workshop am Staatlichen Museum für Naturkunde Stuttgart

14. April 2015, 11.00 - 17.00 Uhr
Thema: Einführung in das Arbeiten mit DiversityTaxonNames; "Use Cases": Taxonomien und Taxonreferenzlisten in verschiedenem Kontext; Training für Kuratoren von nationalen, regionalen und projekt- wie zielgruppenorientierten Taxon-Referenzlisten, v. a. für Deutschland

DFG-Drittmittelprojekte im Bereich Biodiversitätsforschung wie IBF (http://www.diversitymobile.net/wiki/IBF_Project) und Monitoring-Projekte wie GBOL (https://www.bolgermany.de) und BFL (http://www.bayernflora.de) verwenden oft regionalisierte Taxonomien, Artenregister, Checklisten bzw. Taxonreferenzlisten. Diese bilden nationale oder regionale Taxonkonzepte ab und setzen diese Konzepte mit globalen Registern einerseits und Konzepten aus dem (amtlichen) Naturschutz oder auch mit Volksnamen in Beziehung. In Deutschland gibt es eine Reihe dieser Taxonomien und taxonomische Experten, die derartige Datenbanken meist projektunabhängig seit vielen Jahren pflegen. Neben Interessierten aus allen Bereichen der Biodiversitätsforschung und Biodiversitätsinformatik sind vor allem Kuratoren von derartigen Taxonreferenzlisten in Deutschland zu diesem Workshop eingeladen.

Seit 2012 (erster DWB Workshop zu diesem Thema im Sept. 2012) entwickeln die DWB Partner zusammen mit GBOL, IBF und anderen Verbundprojekten ein Konzept, derartige unabhängig kuratierte, taxonomische Bestände v.a. für Deutschland und dessen Bundesländer zu mobilisieren und in geeigneten Austauschformaten anzubieten. Dazu wird ein Workflow, angepasst auf die Bedürfnisse von regionalen taxonomischen Experten, eingerichtet. Das Konzept wird ausführlich erklärt unter DTN taxon lists concept and architecture. Die Datenbestände stehen über DTN-Installationen auf einem Webserver am SNSB IT-Zentrum zum Management durch List-Kuratoren und zum freien lesenden Zugriff sowie Export und Download als CSV bereit.

Über eine im Rahmen von GFBio entwickelte REST API "DWB REST Webservice for Taxon Lists" sollen Basis-Informationen zu Taxonnamen im Gebrauch, ausgewählten Synonymen und Volksnamen von rund 30-35 Listen machinenlesbar bereitgestellt werden. Metadaten zu den einzelnen Namensbeständen in DiversityTaxonNames werden in DiversityAgents und DiversityProjects gemanagt. Die Dienste werden im BiodiversityCatalogue registriert werden und über den GFBio Terminology Server zugänglich sein. Weitere Info findet sich unter DTN Taxon Lists Services.

Einige Autoren bzw. Listkuratoren der Checklisten/ Taxonreferenzlisten mit langfristigem Engagement streben an, die Listen parallel als Text oder Datenfile zu publizieren, e. g. im Biodiversity Data Journal. Infos dazu finden sich unter http://biodiversitydatajournal.com./about#Globallyuniqueinnovations.

Organisatorisches

• Ansprechpartner (Anmeldung, Anreise etc.): Juan Carlos Monje, Tanja Weibulat

• Ort: Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart, Nordbahnhofstr. 177, 70191 Stuttgart, Raum: Vortragssaal

• Anreise
  • vom Flughafen
  • vom Hauptbahnhof
  • mit dem Auto

• Datum: 14.04.2015
• Zeit: 11.00 Uhr - 17.00 Uhr
• Übernachtungsmöglichkeiten
• Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

Arbeitsprogramm

Thema: s. o.

• ab 10.30 Uhr Anreisen der Teilnehmer
• 11.00 Uhr Begrüßung und kurze Vorstellungsrunde
• 11.15 Uhr Einführung in die Diversity Workbench und GFBio (D. Triebel)
• 11.45 Uhr Taxonlisten im German Barcode of Life Kontext (P. Grobe, B. Rulik)
• 12.00 Uhr Taxonliste im Kontext der Flora von Bayern mit DTN Demo (W. Ahlmer)
• 12:15 Uhr Taxonlisten im DiversityMobile/ IBF Kontext (T. Weibulat)
• 12.30 Uhr Mobilisierung von Taxonlisten im GFBio Kontext, Datenkuration, Konzept und Datenfluss (T. Weibulat)
• 12.45 Uhr Allgemeine Einführung RESTful Services, Demo: Abfragen, Ergebnisse (Prototype), Anwenderschnittstelle (S. Seifert)
• 13.00 Uhr Mittagspause
• 13.45 Uhr Einführung in "DiversityTaxonNames" anhand des DiversityTaxonNames Manuals und kurze Vorstellung der DWB-Module DiversityCollection, DiversityProjects, DiversityAgents and DiversityReferences (M. Weiss)
• 15.00 Uhr Kaffeepause, Installation der DTN-Clients auf den mitgebrachten Laptops der teilnehmenden Taxonreferenzlisten-Kuratoren
• 15.15 Uhr DTN Demo: Management von Klassifikation, Nomenklatur, Synonymie-Konzepten, Typifikation und Typusmaterial, Referenzlisten – Beispiel LIAS names (K. Bensch)
• 15.25 Uhr DTN Demo: Management von Taxonreferenzlisten, Schwerpunkt Naturschutz – Beispiel Araneae (F. Raub)
• 15.35 Uhr DTN Demo: Management von Taxonreferenzlisten, Schwerpunkt Citizen Science – Deutsche Namen von Organismen (J. Holstein, J.C. Monje)
• 15.45 Uhr Arbeiten mit DiversityTaxonNames-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
• 17.00 Uhr Ende

Diversity Workbench Entwickler Plattform

• Diversity Workbench Information Models
• Diversity Workbench Software
• DiversityMobile App on Windows Phone Store
• Empfehlungen für Software-Entwickler

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile

• DWB Netzwerk an den SNSB

• Datenfluss Beobachtungsdaten Flora von Bayern

• Virtuelle Forschungsumgebung IBF

• DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone)

Daten in DiversityTaxonNames online

• via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal: Source databases "GSDs" LIAS und MELnet

• via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
  • LIAS names
  • Melastomataceae.Net

• via DWB REST Webservice for Taxon Lists (prototype)

Diversity Workbench – DFG recommended

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

Weiterführende Links zum Thema des Workshops; Globale und EU Taxonreferenzlisten

Catalogue of Life

EU BON taxonomic backbone – Unified Taxonomic Information Service (UTIS)

Euro+Med PlantBase

Fauna Europaea

SpeciesFungorum

The European Register of Marine Species ERMS

Weiterführende Literatur zum Thema des Workshops

• Cranston, P. S., Krell, F.-T., Walker, K. & Hawes, D. (2015). Wiley’s Early View constitutes valid publication for date-sensitive nomenclature. Systematic Entomology, 40: 2–4. (PDF)

• Egloff, W., Patterson, D. J., Agosti, D., & Hagedorn, G. (2014). Open exchange of scientific knowledge and European copyright: The case of biodiversity information. ZooKeys, 414: 109–135. (PDF)

• Hagedorn, G., Mietchen, D., Morris, R. A., Agosti, D., Penev, L., Berendsohn, W. G. & Hobern, D. (2011). Creative Commons licenses and the non-commercial condition: Implications for the re-use of biodiversity information. ZooKeys, 150: 127–149, doi: 10.3897/zookeys.150.2189.

• Madin, J. S., Bowers, S., Schildhauer, M. P., & Jones, M. B. (2008). Advancing ecological research with ontologies. Trends in Ecology & Evolution, 23(3): 159–168. (PDF)

• Patterson, D. J., Egloff, W., Agosti, D., Eades, D., Franz, N., Hagedorn, G., Rees, J. A., & Remsen, D. P. (2014). Scientific names of organisms: attribution, rights, and licensing. BMC research notes, 7(1): 79. (PDF)

• Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L., & Triebel, D. (2014). LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. MycoKeys, 8: 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 (PDF).

• Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. (2012). An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. MycoKeys, 5: 45–63. doi:10.3897/mycokeys.5.4302 PDF

• Walls, R. L., Deck, J., Guralnick, R., Baskauf, S., Beaman, R., Blum, S., Shawn Bowers, S., Buttigieg, P. L., Davies, N., Endresen, D., Gandolfo, M. A., Hanner, R., Janning, A., Krishtalka, L., Matsunaga, A., Midford, P., Morrison, N., Tuama, É. Ó., Schildhauer, M., Smith, B., Stucky, B. J., Thomer, A., Wieczorek, J., Whitacre, J., & Wooley, J. (2014). Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies. PloS one, 9(3): e89606. (PDF)

Sonstiges

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