1st WP5 Training course for data curators at GFBio Collection Data Centers

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Erster Workshop für Datenkuratoren an den sieben GFBio Sammlungsdatenzentren (WP5-Archive)
First training course for data curators at the GFBio Collection Data Centers (WP5-Archives)

Der Workshop richtet sich in erster Linie an Biologen/ Kustoden an den GFBio Sammlungen/Datenzentren, die bereits datenkuratorisch arbeiten oder derartige Aufgaben in Zukunft übernehmen wollen. Im Workshop werden Workflows zur Kuration, Pflege und Publikation von Forschungsdaten im GFBio Kontext vorgestellt. Damit soll die Fachexpertise an den GFBio Collection Data Centers gestärkt werden.

Organisatorisches

  • Ort: Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart, Nordbahnhofstr. 177, 70191 Stuttgart, Raum: Vortragssaal


Programm

1. Tag des Workshops

Ab 10.30 Uhr: Eintreffen der Teilnehmer
11.00 Uhr: Begrüßung und GFBio WP5 Workshop-Konzept – Joachim Holstein (SMNS)
11.15 Uhr: GFBio-Architektur und "Archiving"-Workflow an Sammlungsdatenzentren – Dagmar Triebel (SNSB)
11.45 Uhr: Vorstellung des geplanten Helpdesk zur Kommunikation zwischen GFBio Collection Data Centers und Datenlieferanten aus DFG-Forschungsprojekten im GFBio-Portal – Juliane Steckel, WP3 (Uni Göttingen)
12.15 Uhr: Vorstellung des DMP Tools zur Kommunikation zwischen GFBio Collection Data Centers und Datenlieferanten aus DFG-Forschungsprojekten im GFBio-Portal – Björn Quast, WP3 (SUB Göttingen)
12.45 Uhr: Diskussion

13.00 Uhr: Mittagessen

14.00 Uhr: Vorstellung der an den GFBio Collection Data Centers verwendeten Datenmanagementsysteme und der eingesetzten Verfahren und Mechanismen zur Verbesserung der Datenqualität: DSMZ-DB inkl. BacDive, DWB, JACQ – Dominik Röpert (BGBM), Boyke Bunk (DSMZ), Peter Grobe (ZFMK)

15.00 Uhr: Kaffeepause

15.15 Uhr: Vorstellung der an den GFBio Collection Data Centers verwendeten Datenmanagementsysteme und der eingesetzten Verfahren und Mechanismen zur Verbesserung der Datenqualität: SeSam/AQUiLA, Specify – Jonas Ewert (SGN), Günther Korb (MfN)
16.00 Uhr: Vorstellung der Verwaltung und Prozessierung von Multimedia-Daten an zwei GFBio Collection Data Centers – Falko Glöckler (MfN), Peter Grobe (ZFMK)
16.30 Uhr: Diskussion
17.00 Uhr: Ende des 1. Tages

Ab 18:30 Uhr: Gemütliches Beisammensein am Murrhardter Hof, Wilhelmsplatz 6, 70182 Stuttgart

2. Tag des Workshops

09:00 Uhr: Datenfluss von Forschungsdaten ausgehend von den GFBio-Datenmanagementsystemen bis zur Datenpublikation über BioCASe-Wrapper; ABCD 2.0 und 2.1 Schemas (alle sieben Sammlungsdatenzentren – David Fichtmüller (BGBM), Boyke Bunk (DSMZ), Falko Glöckler (MfN), Jonas Ewert (SGN), Jörg Lange (SMNS), Tanja Weibulat (SNSB), Peter Grobe (ZFMK)
10:00 Uhr: Diskussion der verschiedenen Datenflüsse und Optimierungsmöglichkeiten
10:30 Uhr: Metadaten in ABCD – Mapping der verschiedenen Datenzentren und Diskussion von Harmonisierungsmöglichkeiten – Peter Grobe (ZFMK), David Fichtmüller (BGBM), Falko Glöckler (MfN)
11.30 Uhr: ABCD-strukturierte Daten für GFBio Liferay-Portal und Pangaea-Publikations-Workflow – Dagmar Triebel (SNSB), Marcel Frömming (Uni Jena)
12.00 Uhr: Kommunikationsplattformen des GFBio-Projektes (internes Wiki, öffentliches Wiki, Portal, Redmine) – Joachim Holstein (SMNS)

12.30 Uhr: Mittagessen

13.30 Uhr: GFBio WP5 Arbeitstreffen
15.00 Uhr: Ende des Workshops

Teilnehmer (V = Vortrag) Institution Fachgebiet
Birte Abt DSMZ Pathogene Bakterien
Andreas Allspach SGN Sammlungsmanagement
Boyke Bunk (V) DSMZ Informatik
Jonas Evert (V) SGN Datenmanagement
Janine Felden MARUM Datenmanagement
David Fichtmüller (V) BGBM Informatik
Marcel Frömming (V) Friedrich-Schiller-Universität Jena Informatik
Eva-Maria Gerstner BIK-F Data and Modelling Centre Datenmanagement und -archivierung
Falko Glöckler (V) MfN Biodiversitätsinformatik
Peter Grobe (V) ZFMK Biodiversitätsinformatik
Joachim Holstein (V) SMNS Datenmanagement
Angela Jandl SMNS Datenmanagement
Birgit Klasen ZFMK Biodiversitätsinformatik
Günther Korb (V) MfN Informatik
Ivaylo Kostadinov Jacobs Universität Bremen Bioinformatik
Jörg Lange (V) SMNS Bioinformatik
Juan Carlos Monje SMNS Datenmanagement
Björn Quast (V) SUB Göttingen Biodiverstitätsinformatik
Florian Raub SMNK Informatik
Dominik Röpert (V) BGBM Biodiverstitätsinformatik
Veronica Sanz SNSB Datenmanagement
Juliane Steckel (V) Uni Göttingen Datenmanagement
Dagmar Triebel (V) SNSB Biodiverstitätsinformatik
Tanja Weibulat (V) SNSB Datenmanagement


Folgende Themen werden nicht hier, sondern auf einem der nächsten GFBio Workshops behandelt:

  • Datenimport in Datenmanagementsysteme der Datenzentren (z. B. Data Submission Tools)
  • Prozessierung und Publikation von Trait-Daten
  • Archivierung von Multimedia-Daten
  • Datenbank-unabhängige Archivierung von hoch-strukturierten kontextuellen Daten
  • GFBio Collection Data Centers: Richtlinien im Umgang mit ABS Bestimmungen (Nagoya Protokoll)